Hola,
Una aplicacion web no se instala atravez del app store, realmente es poco mas que una pagina web con controles y aspecto adaptados para iPhone.
Si el usuario la neceita se crea un acceso directo de esta app en el homescreen de su iPhone y asi tiene acceso directo a esta app.
Aqui tienes info buena sobre lo que preguntas.
http://developer.apple.com/safari/library/documentation/internetweb/conceptual/iPhoneWebAppHIG/iPhoneContent/iPhoneContent.html#//apple_ref/doc/uid/TP40007900-CH9-SW4Un saludo,
StaS